有 性 繁 殖 的 生 殖 腺 位 於 珊 瑚 蟲 內 的 隔 膜 上 。 有 些 珊 瑚 蟲 是 雌 雄 同 體 的 , 但 有 些 是 兩 性 分 開 的 。 珊 瑚 最 常 見 的 繁 殖 方 法 是 把 配 子 撒 播 於 體 外 , 即 是 成 熟 的 卵 子 和 精 子 會 被 排 出 珊 瑚 體 外 , 而 整 個 受 精 過 程 均 會 在 珊 瑚 體 外 完 成 。
但 並 非 所 有 的 珊 瑚 品 種 都 是 這 樣 的 , 有 些 珊 瑚 會 進 行 體 內 受 精 , 受 精 過 程 於 體 內 的 空 腔 進 行 , 受 精 後 的 卵 子 便 會 在 空 腔 內 形 成 珊 瑚 的 幼 蟲 , 這 種 繁 殖 過 程 則 稱 為 一 窩 孵 雛 。
珊 瑚 的 幼 蟲 稱 為 實 囊 幼 蟲 。 牠 們 由 卵 子 於 體 內 受 精 後 經 個 一 段 時 間 的 孵 育 而 被 排 出 珊 瑚 體 外 , 或 是 由 卵 子 在 體 外 受 精 後 所 產 生 。 這 些 實 囊 幼 蟲 會 逗 留 於 水 中 多 日 ( 或 數 星 期 , 視 乎 珊 瑚 的 品 種 ) , 直 到 牠 們 找 到 一 個 合 適 的 棲 息 環 境 , 附 著 及 安 定 下 來 。 這 些 幼 蟲 一 旦 附 著 在 地 面 , 便 會 發 展 成 一 個 珊 瑚 蟲 , 以 及 形 成 牠 們 第 一 個 珊 瑚 杯 。 經 過 多 次 的 無 性 繁 殖 , 一 個 珊 瑚 蟲 便 會 逐 漸 地 發 展 成 一 個 珊 瑚 群 體 。
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