所有偵緝犬和領犬員都曾前赴澳洲接受特別訓練。經訓練的偵緝犬在發現目標氣味後，會蹲坐等待領犬員給予食物作為獎勵。旅客普遍認為這種“被動”反應可以接受。為訓練犬隻作出“被動”反應，訓練員會把目標氣味(例如由小狗、小貓、兔或雞發出的氣味)存放在適當的容器內，然後鼓勵犬隻嗅查，發現目標後會命令犬隻坐下並給予食物作為獎勵。

偵緝犬抵港後，會由領犬員帶到邊境口岸或機場客運大樓作進一步實地訓練。除執行現有的偵測行動外，漁護署亦不斷尋找改良檢疫偵緝犬的訓練方式和發掘新任務。漁護署檢疫偵緝犬小組的基地位於打鼓嶺行動中心，該處設有舒適的狗房及訓練場，是偵緝犬的安樂窩。