- 从多方面保育本港的动植物及自然生境，包括就发展建议、规划策略、环境影响评估等工作提供有关自然保育的专业意见；
- 订定和推行生物多样性保育计划，以及认定具特殊科学价值的地点等；
- 定期进行生态调查，更新纪录，并管理香港的生态资料库；
- 管制基因改造生物的环境释出及进出口；
- 监察米埔内后海湾国际重要湿地的生态，并发展及管理香港湿地公园；
- 保育濒危动植物；及
- 透过宣传和教育活动，加强市民对自然保育的认识，以及鼓励他们参与自然保育活动。
香港的地形及亚热带气候，为种类繁多的动植物提供各式各样的栖息地。本港虽是弹丸之地，但自然景致却多姿多采，海岸沙滩、嶙峋石岸、高耸山峰、茂密林地与绿茵山峦，互相映衬，构成独特的风景。
香港有维管植物逾3,100种（其中约2,100种属本地种）、哺乳类动物56种、鸟类502种、淡水鱼类185种、爬行动物83种、两栖类动物24种；昆虫种类亦十分繁多，共录得约240种蝴蝶及116种蜻蜓。
在二零零四年十一月公布的「新自然保育政策」下，已有12个地点获优先认定，透过公私营合作及管理协议计划以加强保育。有关计划由土地拥有人或非政府组织推行，并由本署负责监察。
截至二零一零年三月，共有两个管理协议计划分别在塱原及凤园的优先保育地点进行。有关地点的雀鸟及蝴蝶的数量和品种均有所增加，显示管理协议计划能有效提高这些地点的保育价值。除了对丰富生物多样性有直接的正面作用，管理协议计划亦提高了公众及当地村民的自然保育意识。
本署由二零零二年起开始进行全港生态调查计划，旨在维持及更新全港的生态资料库。调查计划覆盖香港所有具高保育价值的主要生境，包括风水林的位置、状况及植物种类，以及重点动物群的分布及数量。截至二零一零年三月，本署收集、鉴定及于资料库内储存了超过74,000个，逾4,000种动植物的纪录。
生态调查的结果确定了香港有丰富的生物多样性，当中更有香港甚至是全球首次发现的物种。结果进一步确定，现时的受保护地区能有效保护香港的生物多样性。在调查及分析的物种群中，有超过98%的本地常见陆上及淡水物种，均有代表性的群体在香港的保护区内栖息。
年内，本署继续利用重要物种及生境的网上资料库「香港生物多样性网页」，培养公众对本地生物多样性的兴趣及提高他们对自然保育的意识。本署亦研发了一套以地理资讯系统运作的中央资料库，储存调查所得的资料及由其他途径取得的生态资料。
本署由二零零一年八月起推行米埔内后海湾国际重要湿地的生态监察计划。这项长期计划旨在收集这片国际重要湿地的基线生态资料，监察范围包括湿地内的底栖动物群落及生境范围。
本署自一九九七年起委托香港观鸟会在后海湾进行每月水鸟普查。在二零零九年十月至二零一零年三月期间，后海湾录得的水鸟数目最高约有87, 380只，当中包括约33,700只野鸭、约27,300只涉禽、约11,330只海鸥及燕鸥、约10,760只鸬鹚、约3,360只鹭鸟及约520只秧鸡。这些数字与去年同期相若，亦接近计划推行以来的最高数值。
黑脸琵鹭是全球濒危鸟类之一，只分布于东亚地区。在二零零九至一零年冬季迁徙期间，全球种群调查共录得2,346只黑脸琵鹭。在二零一零年一月录得最多有496只黑脸琵鹭以内后海湾作为冬季栖息地或中转站，数量相等于全球总数约21%，亦是在东亚地区越冬的第二大种群。
本署实施黑脸琵鹭保育计划，以保持米埔内后海湾国际重要湿地的良好环境，为黑脸琵鹭提供过冬的地方。该计划的其他措施包括保护栖息地、管理物种及栖息地、进行监测和研究、推行教育及培训、实践区域合作等。
绿海龟是唯一经常在香港产卵的海龟。在二零零八年七月至十月期间，绿海龟「香港二号」回到深湾产下七窝卵。当时预计卵孵出时天气转冷，故本署为其中四窝卵进行人工孵化，其孵化率普遍高于90%。大部分幼龟孵化后已于深湾放流。而最后一窝卵因孵出时天气已转冷，幼龟须暂养于香港湿地公园。及至零九年八至九月，在天气情况许可下，本署安排这批幼龟在深湾放流。
《保护濒危动植物物种条例》是本港履行《濒危野生动植物种国际贸易公约》（《公约》）规定的法例，严格监管涉及濒危物种的贸易。
本署继续致力打击濒危物种的非法贸易。年内，检获的个案共有338宗，其中包括300只来自巴基斯坦的活生四爪陆龟、121只来自坦桑尼亚的活生豹龟、1,006公斤来自尼日利亚的象牙及189只来自泰国的活生辐纹陆龟。
本署继续推动保护濒危物种的教育及宣传工作，并举办了一系列活动，以提高市民对保护濒危物种的认识。活动包括安排公众参观本署的濒危物种资源中心、到学校演讲、举办展览、派发海报及单张，以及在机场和口岸管制站展示相关资讯。另外，本署与一本地报张合办「保护濒危物种四格漫画创作比赛」，比赛反应热烈，共收到超过2,000份作品。至于在粤港联合教育及宣传项目方面，本署举办了贸易商研讨会，并推出为《公约》执法人员而设的培训班。
在二零一零年三月实施的香港法例第607章《基因改造生物（管制释出）条例》是因应《卡塔赫纳生物安全议定书》（《议定书》）的规定，控制基因改造生物的环境释出及进出口。由于基因改造生物可能对生物多样性带来不利的影响，执行《议定书》可确保本地生物多样性得到更好的保护。根据有关条例，任何向环境释出的基因改造生物在进口到本港前，须事先获得渔护署署长的批准。
本署亦就建议的《基因改造生物（进出口文件）规例》于二零一零年二月及三月进行了公众咨询，有关条例和建议的规例预计于二零一一年初实施。
香港湿地公园于二零零六年五月正式开幕，是推广香港生态旅游的重要设施，亦是香港湿地保育及公众教育一个重要的里程碑。湿地公园结合了60公顷的自然户外景观，以及总楼面面积逾一万平方米，包括多个湿地展览的访客中心。年内，公园录得约44万名的入场人次。
本署负责湿地公园的管理工作，包括日常营运、教育及社区服务、展品维修、生境管理及市场推广等范畴。
在二零零九至一零年度，湿地公园先后举办了约8,000次公众导赏活动，共有超过156,000名学生及访客参加。本署亦制作了四款小册子及一套教材，协助老师及市民了解湿地生态以及我们的保育工作。此外，公园举办了13次公开讲座及7个不同类型的专题活动，分别吸引了超过1,500及117,000人参加。湿地公园本年度共招募了1,900名义工，他们除了协助访客中心的运作及提供导赏服务外，亦参与户外生境的管理工作。年内，义工们付出的服务时间合共超过6,500日。
为推广湿地保育，公园于年内举办了多项主题活动，包括蜻蜓节、观鸟节及湿地文化节。
香港湿地公园在推动亚太地区湿地保育和教育方面扮演了重要角色。作为亚洲国际湿地网络中重要成员之一，香港湿地公园继续为该网络的网站 (www.wli-asia.org)提供最新消息，促进各湿地中心的联系。
渔护署自二零零三年开始管理湿地保护区，目的是提升其生态功能。自此，本署在区内录得的雀鸟种类不断上升，累积数目已超过230种，水禽或依赖湿地的鸟类占鸟类物种总数的36%。除了鸟类外，公园内还录得多种其他生物，尤其是与湿地有密切关系的蜻蜓、两栖类和爬行类动物。区内录得的蜻蜓、两栖类和爬行类动物种类的累积数目分别为49种、9种和23种，这正好显示只要有适当的设计和管理，生态保育、教育和旅游功能是可以并存的。
本署管理香港植物标本室，其工作范围包括：有系统地采集、鉴定及修护香港植物标本。年内，标本室藏有41,000多份标本，其中290多份为模式标本，在区内具相当重要性。
香港植物标本室联同华南植物园合作编著《香港植物志》，该专著具重要参考价值，旨在收录所有香港有纪录的植物种类，亦是首本以英文编写的华南地区植物志，并辅以丰富的绘图及彩照。《香港植物志》第一、二、三卷已于零七年至零九年出版，并深得本港、海外学术界和植物业界欢迎。专著第四卷的编辑工作现正进行中，当中收录了40科313属752种植物。
标本室除了作为植物研究人员的资源中心外，还提供团体预约参观服务及出版教育刊物，以促进市民对香港植物的认识。
具特殊科学价值地点可位于陆地或水上，其特殊科学价值取决于该处的动植物、地理或地质特点。年内，署方继续派人巡视和监察这些地点的情况及其科学价值，并按需要在某些地点进行适当的生境管理工作，以维持或提高其价值。举例来说，本署曾于鸦洲具特殊科学价值地点进行防治薇甘菊的措施，以改善该处树木的生长，为鹭鸟提供适合筑巢繁殖的地点。本署亦曾于凤园谷具特殊科学价值地点种植蝴蝶的寄主植物，以强化蝴蝶的生境。此外，本署继续检讨各个地点的情况，将一些因环境改变而失去特殊科学价值的地点从名录中剔除，同时亦会物色具有特殊科学价值的新地点。由于本署发现鹭鸟已不再使用三门仔的鹭鸟林繁殖，故于年内将其从名录中剔除。
薇甘菊是外来的攀援植物，常见于空旷和受干扰的地方，例如路旁及荒地等。由于薇甘菊生长迅速，被其覆盖的植物会因无法吸收足够的阳光而影响生长。由于光照较弱的环境不利薇甘菊生长，因此茂密的林木一般不受薇甘菊的影响。
为了防止薇甘菊在具有保育价值的地点蔓延，本署继续于郊野公园、特别地区及具特殊科学价值地点清除薇甘菊。除了使用工具清除薇甘菊外，本署亦试验以生境管理的方法去防治薇甘菊。本署并进行实地研究，探索以生物防治方法控制薇甘菊的可行性。
此外，本署拟备了《清除薇甘菊作业备考》，提供清除薇甘菊的技术指引给有关的政府部门及园艺服务承办商参考。署方设立了有关薇甘菊的网页，让市民参阅。
香港的野生猴子数目近年不断增加，引起公众关注。为了长远控制其增长，本署加快为野生猴子进行避孕试验计划。在二零零九至一零年度，本署已替637只猴子避孕。此外，本署已加强执法，在特定郊野公园禁止喂饲野生猴子，以减低牠们对游人的滋扰。年内，共有131人在郊野公园内因违例喂饲野生猴子而被检控。
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