- 確認和劃定合適的地點為郊野公園、特別地區、地質公園、海岸公園及海岸保護區，並加以管理，以保護香港的自然環境；
- 保護重要的海洋及陸上動植物，例如中華白海豚、江豚、珊瑚群落、雀鳥、哺乳類動物、蝴蝶和蜻蜓等；以及
- 推行宣傳和教育活動，並提供適當的設施，以提高市民愛護大自然的意識。
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為了保育郊野地區，截至二零一零年三月，44,004公頃的土地（約佔全港土地總面積的40%）已劃為24個郊野公園及17個特別地區，以作保育、康樂、教育及旅遊用途。郊野公園內設有遠足徑、自然教育徑、燒烤及野餐地點、露營地點及遊客中心。二零零九至一零年度期間，錄得的遊客數目約為1,340萬人次。
本署亦負責管理海岸公園及海岸保護區，以作保育、康樂、教育和科學研究用途。現時，香港共有四個海岸公園及一個海岸保護區，總面積為2,430公頃，覆蓋範圍包括沿岸和海上景點，以及供各種重要海洋動植物聚居的海洋棲息地，這些地方都是潛水、浮潛、划獨木舟和海底攝影的好去處。二零零九至一零年度所錄得的遊客總數約為209,400人次。
年內，郊野公園及鄰近地方共發生了34宗山火，燒毀了23,000棵樹，275公頃土地受損。山火宗數較前兩年略減，但是有數宗發生在大欖及八仙嶺郊野公園的山火規模較大，造成的損害也較大。本署持續植樹以修復受山火損毀的地方及執行各種防火的工作。
本署於二零零九至一零年度在郊野公園內種植超過700,000棵樹苗。為了豐富本地植物的品種，本署不斷培育及栽種各種本地樹種的幼苗，主要包括土沉香、黧蒴錐、朴樹、大頭茶、楓香、浙江潤楠、刨花潤楠及木荷等。在本署種植的幼苗中，本地樹種約佔66%。
本署在元朗大棠的苗圃內培育了多種幼苗，專門供郊野公園植林之用，當中包括一些不常見的植物，例如滇糙葉樹、各種茶屬品種、油杉、烏檀和豆梨，以及市面苗圃未有供應的樹種，例如浙江潤楠和刨花潤楠等。
數十年前，郊野公園的植林計劃是以種植外來品種樹木為主，首要目的是盡快在荒蕪之地種植植被及覆蓋貧瘠泥土，以減少水土流失，重建土壤的生命力。為此，當年挑選作植林的都是生長迅速及能抵禦惡劣環境的外來先鋒樹種，最為人熟悉的要算是台灣相思、紅膠木和愛氏松，還有其他生長迅速的外來品種如木麻黃、桉樹、 白千層、耳葉相思及大葉相思等。現在，樹齡達數十年的植林區在郊野公園放目皆是。
然而，部分林區已漸呈現老化、壞死或生長空間不足等問題。此外，由於樹木品種較單一及以外來品種為主，因此未能滿足本地野生動物覓食及棲息的需要。加上大批樹木同時老化，令樹林生態難以持續發展。樹木生長過密，不但窒礙其他樹種在林內自然繁衍，樹林景觀亦較為單調。缺乏生命力的植林環境，其生態價值也難以提升。有見及此，本署自二零零九年底開始，推行郊野公園植林優化計劃，希望為郊野公園林木增值，亦能達到以下目標：
(一) 改善林地生態環境；
(二) 提高本地動植物品種的多樣性；
(三) 讓林地樹木健康成長，自然繁衍；
(四) 增加本地樹種種子的產量；
(五) 提升郊野公園林地景致的吸引力；及
(六) 減低大型蟲害發生的機會。
二零零九年秋冬季，本署於21個地點初次進行本計劃，砍伐了約10,000棵在林區內壞死、老化或生長過密的外來品種樹木。然後在隨後的春季在林內補植合適的本地樹木幼苗，讓它們在餘下林木庇蔭下逐漸成長，長遠更替整幅植林。此計劃需要持續多年進行，希望能有系統地全面改善現有的植林區，整體提升郊野公園的生態價值。
香港國家地質公園
地質公園是指具有特殊地質意義，並融合自然與人文景觀的獨特自然區域。保育、教育及可持續發展是地質公園的三大目標。香港擁有豐富的地貌資源，其中不少極具學術研究、旅遊及觀賞價值。為了保護這些地貌資源，本署成立了香港國家地質公園，並於二零零九年十一月三日正式開幕。開幕典禮由行政長官曾蔭權聯同國土資源部副部長汪民等其他嘉賓主持。典禮上同時宣佈，香港國家地質公園與四個海外及中國的世界地質公園建立姊妹公園合作關係，以加強與各個地質公園之間的資訊交流及擴大宣傳網絡。這些公園包括中國雁蕩山世界地質公園、日本系魚川世界地質公園、英國里維耶拉世界地質公園及澳洲卡納文卡世界地質公園。
香港地質公園包括西貢火山岩和新界東北沉積岩兩個園區，共有八個景區，面積達49.85平方公里，八個景區包括糧船灣、橋咀洲、甕缸群島、果洲群島、東平洲、印洲塘、赤門及赤洲 ─ 黃竹角咀。
為了讓公眾認識地質公園，一個遊客中心及三個地質教育中心經已啟用：位於西貢蕉坑的地質公園遊客中心、西貢地質文化資訊中心、大埔地質教育中心及荔枝窩地質教育中心。這些中心簡介香港的地質環境，並提高市民對地球科學的興趣及保護地質環境的意識。遊客更可從中了解當地人文、歷史和生態等資料。
本署籌劃了八條陸上遊覽路線和兩條海上遊覽路線，方便公眾遊覽地質公園。這些路線都是根據各景區的特點和情況來規劃和設計的。
為了提高大眾對香港岩石地貌的認識及欣賞，一系列的刊物包括一套地質公園考察指南、相片畫冊及多本兒童刊物相繼推出，以供讀者認識香港壯麗的岩石地貌及明白保育的重要性。
海岸公園的管理工作
海岸公園深受市民歡迎。為了針對遊客量增加引起的問題，本署採取了多項措施，包括加派人手巡邏、由義工向遊客講解遊覽時須遵守的事項、安排教育導賞活動，以及印發教育宣傳資料等。此外，為了防止非法活動，署方亦在海岸公園進行執法行動。
自然導賞活動
本署每年均推出一系列的自然護理教育活動及刊物，向本地約28萬名學生、教師和自然愛好者推廣自然護理教育。為了加強郊野公園的自然教育配套，本署在二零零九至一零年度把學校及公眾教育活動整合成全新的「體驗自然」郊野公園教育活動計劃，讓本地學生從多角度研習通識教育科中有關環境科學與可持續發展的課題，以及在郊野公園中實踐新高中課程的「其他學習經歷」，加深對郊野公園、生物多樣性、樹木護理和香港地質地理的認識，從而明白愛護自然環境的重要。「體驗自然」計劃主要分為五部分，分別為：郊野樂行篇、義務工作篇、野外體驗篇、地質保育篇及郊野研習篇。
郊野樂行篇包括「民安隊山嶺活動安全推廣日」、「香港郊野全接觸」及「郊野公園地貌行」。參與的市民在享受遠足樂趣之餘，又可學習山嶺活動的安全知識。「香港郊野全接觸」遠足活動由香港旅遊發展局主辦、本署協辦，從多角度介紹麥理浩徑的景致和特色，路線以每年一度的慈善步行活動「樂施毅行者」的路線為藍本，讓旅客輕鬆體會享受在香港郊野遠足之樂。此外，「郊野公園地貌行」分別在西貢及印洲塘舉行，本署在沿途的特選景點設置解說站，向參加者介紹香港國家地質公園的獨特地貌及地質特色。上述活動共有14,600人參與。
義務工作篇以「郊野同心」義工計劃為主，目的是讓市民透過親身參與郊野公園的護理、教育和保育工作，提高保護香港郊野公園的意識，並向大自然愛好者提供一個服務社會的機會。義工計劃自二零一零年一月起於網上招募，收到約550個報名，申請人包括退休人士、在職人士及學生。署方為參與計劃的義工安排訓練及實習，務求豐富公眾在生態導賞和自然保育方面的知識，從而更有效推行郊野保育工作。
野外體驗篇包括「郊野定向」、「自然三部曲 ─ 實踐」和「幼稚園訪校計劃」等活動，以遊戲和野外定向等生動方式提高學生對生態與遠足安全等的興趣。此外，本署亦舉辦「郊野小記者校際比賽」，讓學生實地參與及考察本署在郊野公園的各項工作，從而加深認識與反思保護郊野公園所面對的挑戰和管理策略，以及保護自然環境等課題。這些活動共有來自117間學校的6,200名學生參與。
地質保育篇包括「香港國家地質公園地質導賞活動」、「岩石學堂」、「西貢地質文化節」和「北區花鳥蟲魚展覽」。活動主要配合香港國家地質公園，向市民及學生介紹地質公園的獨特地質遺跡，從而提高他們對地質保育的意識，活動共有82,000人參與。
最後，郊野研習篇包括「香港國家地質公園考察路線研討會」、「香港地質旅遊與安全研討會」、「體驗自然」等公開講座，還有多個公眾導賞活動。這些活動以不同形式向市民介紹自然保育信息及遠足安全知識。
海洋護理教育活動
本署亦為各界人士舉辦多項海洋護理教育活動。年內，本署共舉辦了119次公眾生態旅遊、7次公開講座、3次海灘清潔活動、28次學校講座及63項展覽及39次其他類型的教育活動，合共逾74,000人參加。
執法工作
郊野公園護理員經常巡邏郊野公園及特別地區，以便為遊客提供服務和執行《郊野公園條例》及其他相關法例。二零零九至一零年期間，共有888名違例人士被本署檢控或遭定額罰款，罰款總額為港幣817,010元。其中391人因亂拋垃圾或隨地吐痰而遭定額罰款。詳細的統計數字載於附錄12。郊野公園護理員及自然護理員亦經常在郊野公園內執行特別任務，例如搜尋非法捕獸器、到鄰近郊野公園的鄉村進行防火宣傳活動，執行禁止餵飼野生動物的條例，以及協助警方搜尋失蹤人士等。此外，護理員亦經常與警方採取聯合行動，打擊在郊野公園內發生的罪案，例如非法砍伐羅漢松及土沉香等。
海岸公園護理員每天都會巡邏海岸公園和海岸保護區，緊密留意有關範圍內的非法捕魚和其他違法活動。本署人員與水警和深圳的漁政當局保持緊密聯繫，合力防止內地漁民在海岸公園非法捕魚，並向遊人發出勸喻或警告，如有需要，更會作出檢控。年內，本署成功的檢控個案有62宗，罰款總額為港幣49,850元。
珊瑚礁普查
本署與珊瑚礁普查基金合作，統籌每年在香港進行的珊瑚礁普查。年內的珊瑚礁普查涵蓋33個珊瑚區，共有逾410名潛水人士自願參與。其中在23個珊瑚區錄得頗高的珊瑚覆蓋率（即超過50%），而珊瑚的生長情況在所有地點都很穩定。本署透過公布珊瑚礁普查的結果，讓公眾更了解本港海洋環境的現況，以共同保護寶貴的海洋資源。普查所得資料十分有用，讓本署得知珊瑚的情況，並採取適當措施保護香港海域內的珊瑚。
珊瑚護理
本署分別於甕缸灣、橋咀洲及赤洲設置特製的珊瑚標誌浮標，以便更有效地保護珊瑚，避免珊瑚因船隻下錨而受損。本署亦定期進行海上巡邏和海底生態調查，以監察上述地區的珊瑚標誌浮標的成效。調查結果令人鼓舞，在設有珊瑚標誌浮標的區域，整體的活珊瑚覆蓋率均有所上升，受損的珊瑚亦有復原跡象。
保育海洋哺乳類動物
在珠江口水域出沒的海豚估計最少有2,500條，而在珠江口東面及香港水域出沒的1,300至1,500條海豚，其中約有200條海豚活躍於香港西面的水域，包括大嶼山、屯門、沙洲和龍鼓洲一帶的水域。本署自二零零零年起推行中華白海豚護理計劃，有關工作包括生境保護和管理、長期監察海豚的數目、調查海豚擱淺事件、提高市民保護海豚的意識，以及聯絡廣東當局，就中華白海豚的存護工作交換資訊。種群數據分析顯示，香港水域的中華白海豚數量在過往多年間都相當穩定。
本署與海洋公園保育基金合作研究擱淺海豚，派員到現場調查每宗擱淺個案，並搜集組織樣本作進一步研究。本署繼續透過舉辦展覽和講座，以及派發海報和小冊子等途徑提高市民的保護意識，宣傳觀豚守則和報告擱淺海豚熱線。透過這些活動，市民已漸漸加深對海洋哺乳類動物的認識。
本署定期就發展建議和項目，以及環境影響評估研究提供專業意見，以確保充分評估有關工程項目對海洋環境和生態可能產生的影響，並透過有效的緩解措施把影響減至最低。
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