- 向漁民及養魚戶提供財政及技術支援，推動漁業的可持續發展；
- 執行法例，規管漁業；
- 策劃和執行適切的計劃及措施，以存護和管理漁業資源；及
- 為魚類統營處提供行政支援。
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本港的漁業由捕撈、海魚養殖及塘魚養殖組成，此行業為本地市場提供穩定的鮮魚供應。在二零零九年，捕撈漁業及海魚養殖業的產量約佔本港海鮮食用量的30%，而塘魚養殖業的產量約佔淡水魚食用量的4%。
捕撈漁業
在二零零九年，本港約有3,700艘漁船，漁民數目約有7,600人。捕魚方法主要有拖網、延繩釣、手釣、刺網及圍網，其中拖網捕魚的漁獲量約佔捕撈漁業總生產量的83%。各類漁船的數目刊載於附錄4。據估計，捕撈漁業於二零零九年的產量達159,000公噸，其中約有54,000公噸漁產供應本地市場。
海魚養殖業
海魚養殖業在風浪較少的沿岸水域進行，養魚戶以浮排懸掛的網箱養殖海魚。在二零零九年，本港有26個根據香港法例第353章《海魚養殖條例》指定的養魚區（分布圖刊載於附錄5），面積共209公頃，持牌的海魚養殖者約有1,040名。大部分養殖場以小規模的家庭式經營，平均面積約280平方米。二零零九年的估計產量達1,437公噸，約佔本地活海魚食用量的9%。
塘魚養殖業
內陸魚塘主要位於新界西北部，佔地約1,120公頃，二零零九年的產量達2,105公噸。大部分魚塘採用混合養殖法，養殖的魚類品種以鯉科魚為主，混合福壽魚或烏頭一同養殖；有些沿岸魚塘則改為飼養半鹹淡水品種，如金鼓、魚、黃鱲及龍躉，以獲得較佳的利潤。
本署採取多項措施，推動漁業的可持續發展。
打擊破壞性捕魚活動
本署定期巡邏香港水域，打擊違反香港法例第171章《漁業保護條例》所禁止的破壞性捕魚活動，當中包括使用炸藥、有毒物質、挖採或抽吸器具，以及傳送電力的器具。在二零零九年，本署成功檢控九宗非法捕魚個案。
放置人工魚礁
人工魚礁可促進不同種類的海洋生物的生長和繁育，並為魚類提供食物，以及充當庇護和棲身之所。自一九九六年起，本署一直推行人工魚礁計劃，並在適當地點如海岸公園，以及牛尾海和大灘海等重要魚類產卵、育苗場，放置了約179,000立方米的人工魚礁。超過220種魚類，包括石斑、鱲魚、笛鯛、細鱗等高價魚種在這些魚礁覓食、棲息、產卵和繁育。為改善魚類養殖區內的水質及海牀環境，本署在滘西、深灣和蘆荻灣魚類養殖區內投放人工魚礁作生物過濾器。
支援服務
本署向漁民提供技術支援、培訓及聯絡、信貸等服務。署方於年內繼續與內地及海外的漁業部門及機構保持聯繫，並向漁民發放所得的休閒漁業、水產養殖、漁產品加工及其他可持續發展漁業模式的相關資料，以及向漁民提供技術意見，協助他們制訂發展計劃。
二零零九年，內地機關在南海實施為期兩個半月的休漁期。為協助約1,200艘受影響的漁船，本署向有關船主提供由魚類統營處貸款基金發放的休漁及額外貸款，當中包括約500宗休漁貸款及約320宗額外貸款，涉及貸款額合共7,630萬元。此外，本署又在休漁期期間為漁民開辦職業訓練課程及講座，旨在加深他們對漁業管理和存護的認識，以及提升與漁業運作有關的技術和知識。
漁業影響評估
為了保護漁業資源及魚類的棲息地，本署繼續審核發展建議書，並就建議書、環境影響評估研究、監察和審核計劃提供專業意見，以確保有關工程對漁業可能產生的影響得到充分披露及評估，並可透過有效的緩解措施盡量減低影響。本署亦協助調查懷疑由發展工程項目所造成的魚類死亡或水質下降個案，以便及早提出補救措施，減少魚類損失。
妥善管理海魚養殖活動
根據香港法例第353章《海魚養殖條例》，本港所有海魚養殖活動均須領有牌照，並須在指定的魚類養殖區內進行。本署定期派員巡視，確保區內的魚類養殖活動符合法例及牌照要求。
為了滿足市民對休閒垂釣活動的需求，以及協助養魚戶發展較多樣化的業務，本署特別推行計劃准許養魚戶在魚排經營休閒垂釣業務。截至二零一零年三月，共有9個養魚區的38名持牌人獲准經營相關業務。
維護水產養殖環境
為了盡量減輕紅潮及水質下降對海魚養殖業所造成的影響，本署定期監測養殖區的水質，並實施紅潮監測及管理計劃。有關計劃包括在紅潮形成前主動監測浮游植物，以及在接獲紅潮報告後，立刻進行快速的風險評估。本署透過採用「地理訊息系統」技術的電腦系統，顯示有紅潮出現的海域及時段，迅速分析其發展情況及移動方向。本署透過各養殖區的紅潮支援小組、新聞稿和紅潮網頁，及早向養魚戶及市民發出紅潮警告，並提供技術意見。
於二零零九年，本港水域共錄得16宗紅潮，並沒有引致魚類死亡。
推廣優良的水產養殖方法
為了減輕養魚戶因魚病所引致的損失，本署推行魚類健康檢查計劃。年內，本署定期派員巡查魚場以便及早發現魚病，並向養魚戶提供預防魚病措施的培訓，以及為患病魚類提供診治服務。在「良好水產養殖管理計劃」下，本署定期派員探訪養魚戶，並檢測養魚場的水質及魚類樣本，監察養魚場的養殖情況，並在各養魚區舉行講座、實地示範和派發小冊子，向養魚戶推介經改良的養殖技術和良好管理方法。
優質養魚場計劃
本署自二零零五年年中起推行自願性質的「優質養魚場計劃」，協助促進本地水產養殖業的競爭力。參與計劃的養魚場須實施良好的水產養殖方法，以提升環境衞生及養魚的質素。養魚須於出售前通過品質保證測試，包括檢驗其體內的殘留藥物及重金屬水平，以確保符合食物安全標準。計劃推出後，深受本地海魚及塘魚養殖戶歡迎，至二零零九年底，共有88個養魚場成功登記為「優質養魚場」（27個魚塘及61個魚排），佔本港養魚場面積約17%。本署和魚類統營處會繼續為此品牌的漁產品進行宣傳及市場推廣。
新魚類品種養殖試驗
為增加可供選擇的養殖品種，本署致力尋找具市場潛力的新品種，推介給養魚戶。在成功完成寶石魚(Scortum barcoo)養殖試驗後，為了進一步減低魚苗成本及穩定供應量，本署協助養魚戶孵化寶石魚受精卵及培育魚苗，並進行人工誘產試驗。寶石魚源自澳洲昆士蘭省，適合魚塘養殖，含相當高的多元不飽和脂肪酸。寶石魚在「優質養魚場計劃」下獲認證推出市場，大受消費者歡迎。
加強本地養殖場監測
為了提高本地養殖業的質素，本署於二零零七年初開始為本地塘魚養殖場進行自願登記計劃。截至二零一零年三月，已有276個塘魚養殖場登記參與計劃。
促進本地魚苗孵化場的發展
本署自二零零八年起在打鼓嶺進行魚苗孵化試驗，並於去年九月與大亞灣水產試驗中心試驗大規模培養石斑幼魚生物餌料，又合辦培訓班，以協助本地養魚戶掌握生物餌料和石斑幼苗培育的技術和知識。
漁業可持續發展委員會
漁業可持續發展委員會於二零零六年十二月成立，研究可促進香港漁業持續發展的長遠目標和方向，以及落實推行的策略，其建議考慮到本地和國際的漁業、漁業資源和貿易發展趨勢；香港捕撈漁業與水產養殖業在生態上的可持續性及在經濟上的可行性；以及其他相關因素，包括對財政和社會的影響等。本署除擔任委員會主席，亦向委員會提供支援服務。委員會已詳細探討本港漁業面對的問題，並研究有助推動漁業可持續發展和存護海洋資源的可行措施。
確保魚類產品有秩序地批銷
根據香港法例第291章《海魚（統營）條例》，魚類統營處透過魚類批發市場，為漁民及魚商提供有秩序的批銷服務。本署向統營處提供技術及行政支援，並就非法批銷海魚採取執法行動。
推廣本地漁業產品
本署與魚類統營處緊密合作，推廣本地漁產品。年內，魚類統營處繼續透過其轄下的魚類產品加工中心，發展優質漁產品，並利用其市場網絡，把本地的優質漁產品，特別是來自優質養魚場計劃的產品，推介給本地市民。
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