- 從多方面保育本港的動植物及自然生境，包括就發展建議、規劃策略、環境影響評估等工作提供有關自然保育的專業意見；
- 訂定和推行生物多樣性保育計劃，以及認定具特殊科學價值的地點等；
- 定期進行生態調查，更新紀錄，並管理香港的生態資料庫；
- 管制基因改造生物的環境釋出及進出口；
- 監察米埔內后海灣國際重要濕地的生態，並發展及管理香港濕地公園；
- 保育瀕危動植物；及
- 透過宣傳和教育活動，加強市民對自然保育的認識，以及鼓勵他們參與自然保育活動。
香港的地形及亞熱帶氣候，為種類繁多的動植物提供各式各樣的棲息地。本港雖是彈丸之地，但自然景致卻多姿多采，海岸沙灘、嶙峋石岸、高聳山峰、茂密林地與綠茵山巒，互相映襯，構成獨特的風景。
香港有維管植物逾3,100種（其中約2,100種屬本地種）、哺乳類動物56種、鳥類502種、淡水魚類185種、爬行動物83種、兩棲類動物24種；昆蟲種類亦十分繁多，共錄得約240種蝴蝶及116種蜻蜓。
在二零零四年十一月公布的「新自然保育政策」下，已有12個地點獲優先認定，透過公私營合作及管理協議計劃以加強保育。有關計劃由土地擁有人或非政府組織推行，並由本署負責監察。
截至二零一零年三月，共有兩個管理協議計劃分別在塱原及鳳園的優先保育地點進行。有關地點的雀鳥及蝴蝶的數量和品種均有所增加，顯示管理協議計劃能有效提高這些地點的保育價值。除了對豐富生物多樣性有直接的正面作用，管理協議計劃亦提高了公眾及當地村民的自然保育意識。
本署由二零零二年起開始進行全港生態調查計劃，旨在維持及更新全港的生態資料庫。調查計劃覆蓋香港所有具高保育價值的主要生境，包括風水林的位置、狀況及植物種類，以及重點動物群的分布及數量。截至二零一零年三月，本署收集、鑑定及於數據庫內儲存了超過74,000個，逾4,000種動植物的紀錄。
生態調查的結果確定了香港有豐富的生物多樣性，當中更有香港甚至是全球首次發現的物種。結果進一步確定，現時的受保護地區能有效保護香港的生物多樣性。在調查及分析的物種群中，有超過98%的本地常見陸上及淡水物種，均有代表性的群體在香港的保護區內棲息。
年內，本署繼續利用重要物種及生境的網上資料庫「香港生物多樣性網頁」，培養公眾對本地生物多樣性的興趣及提高他們對自然保育的意識。本署亦研發了一套以地理資訊系統運作的中央資料庫，儲存調查所得的數據及由其他途徑取得的生態資料。
本署由二零零一年八月起推行米埔內后海灣國際重要濕地的生態監察計劃。這項長期計劃旨在收集這片國際重要濕地的基線生態資料，監察範圍包括濕地內的底棲動物群落及生境範圍。
本署自一九九七年起委託香港觀鳥會在后海灣進行每月水鳥普查。在二零零九年十月至二零一零年三月期間，后海灣錄得的水鳥數目最高約有87, 380隻，當中包括約33,700隻野鴨、約27,300隻涉禽、約11,330隻海鷗及燕鷗、約10,760隻鸕鷀、約3,360隻鷺鳥及約520隻秧雞。這些數字與去年同期相若，亦接近計劃推行以來的最高數值。
黑臉琵鷺是全球瀕危鳥類之一，只分布於東亞地區。在二零零九至一零年冬季遷徙期間，全球種群調查共錄得2,346隻黑臉琵鷺。在二零一零年一月錄得最多有496隻黑臉琵鷺以內后海灣作為冬季棲息地或中轉站，數量相等於全球總數約21%，亦是在東亞地區越冬的第二大種群。
本署實施黑臉琵鷺保育計劃，以保持米埔內后海灣國際重要濕地的良好環境，為黑臉琵鷺提供過冬的地方。該計劃的其他措施包括保護棲息地、管理物種及棲息地、進行監測和研究、推行教育及培訓、實踐區域合作等。
綠海龜是唯一經常在香港產卵的海龜。在二零零八年七月至十月期間，綠海龜「香港二號」回到深灣產下七窩卵。當時預計卵孵出時天氣轉冷，故本署為其中四窩卵進行人工孵化，其孵化率普遍高於90%。大部分幼龜孵化後已於深灣放流。而最後一窩卵因孵出時天氣已轉冷，幼龜須暫養於香港濕地公園。及至零九年八至九月，在天氣情況許可下，本署安排這批幼龜在深灣放流。
《保護瀕危動植物物種條例》是本港履行《瀕危野生動植物種國際貿易公約》（《公約》）規定的法例，嚴格監管涉及瀕危物種的貿易。
本署繼續致力打擊瀕危物種的非法貿易。年內，檢獲的個案共有338宗，其中包括300隻來自巴基斯坦的活生四爪陸龜、121隻來自坦桑尼亞的活生豹龜、1,006公斤來自尼日利亞的象牙及189隻來自泰國的活生輻紋陸龜。
本署繼續推動保護瀕危物種的教育及宣傳工作，並舉辦了一系列活動，以提高市民對保護瀕危物種的認識。活動包括安排公眾參觀本署的瀕危物種資源中心、到學校演講、舉辦展覽、派發海報及單張，以及在機場和口岸管制站展示相關資訊。另外，本署與一本地報張合辦「保護瀕危物種四格漫畫創作比賽」，比賽反應熱烈，共收到超過2,000份作品。至於在粵港聯合教育及宣傳項目方面，本署舉辦了貿易商研討會，並推出為《公約》執法人員而設的培訓班。
在二零一零年三月實施的香港法例第607章《基因改造生物（管制釋出）條例》是因應《卡塔赫納生物安全議定書》（《議定書》）的規定，控制基因改造生物的環境釋出及進出口。由於基因改造生物可能對生物多樣性帶來不利的影響，執行《議定書》可確保本地生物多樣性得到更好的保護。根據有關條例，任何向環境釋出的基因改造生物在進口到本港前，須事先獲得漁護署署長的批准。
本署亦就建議的《基因改造生物（進出口文件）規例》於二零一零年二月及三月進行了公眾諮詢，有關條例和建議的規例預計於二零一一年初實施。
香港濕地公園於二零零六年五月正式開幕，是推廣香港生態旅遊的重要設施，亦是香港濕地保育及公眾教育一個重要的里程碑。濕地公園結合了60公頃的自然戶外景觀，以及總樓面面積逾一萬平方米，包括多個濕地展覽的訪客中心。年內，公園錄得約44萬名的入場人次。
本署負責濕地公園的管理工作，包括日常營運、教育及社區服務、展品維修、生境管理及市場推廣等範疇。
在二零零九至一零年度，濕地公園先後舉辦了約8,000次公眾導賞活動，共有超過156,000名學生及訪客參加。本署亦製作了四款小冊子及一套教材，協助老師及市民了解濕地生態以及我們的保育工作。此外，公園舉辦了13次公開講座及7個不同類型的專題活動，分別吸引了超過1,500及117,000人參加。濕地公園本年度共招募了1,900名義工，他們除了協助訪客中心的運作及提供導賞服務外，亦參與戶外生境的管理工作。年內，義工們付出的服務時間合共超過6,500日。
為推廣濕地保育，公園於年內舉辦了多項主題活動，包括蜻蜓節、觀鳥節及濕地文化節。
香港濕地公園在推動亞太地區濕地保育和教育方面扮演了重要角色。作為亞洲國際濕地網絡中重要成員之一，香港濕地公園繼續為該網絡的網站 (www.wli-asia.org)提供最新消息，促進各濕地中心的聯繫。
漁護署自二零零三年開始管理濕地保護區，目的是提升其生態功能。自此，本署在區內錄得的雀鳥種類不斷上升，累積數目已超過230種，水禽或依賴濕地的鳥類佔鳥類物種總數的36%。除了鳥類外，公園內還錄得多種其他生物，尤其是與濕地有密切關係的蜻蜓、兩棲類和爬行類動物。區內錄得的蜻蜓、兩棲類和爬行類動物種類的累積數目分別為49種、9種和23種，這正好顯示只要有適當的設計和管理，生態保育、教育和旅遊功能是可以並存的。
本署管理香港植物標本室，其工作範圍包括：有系統地採集、鑑定及修護香港植物標本。年內，標本室藏有41,000多份標本，其中290多份為模式標本，在區內具相當重要性。
香港植物標本室聯同華南植物園合作編著《香港植物誌》，該專著具重要參考價值，旨在收錄所有香港有紀錄的植物種類，亦是首本以英文編寫的華南地區植物誌，並輔以豐富的繪圖及彩照。《香港植物誌》第一、二、三卷已於零七年至零九年出版，並深得本港、海外學術界和植物業界歡迎。專著第四卷的編輯工作現正進行中，當中收錄了40科313屬752種植物。
標本室除了作為植物研究人員的資源中心外，還提供團體預約參觀服務及出版教育刊物，以促進市民對香港植物的認識。
具特殊科學價值地點可位於陸地或水上，其特殊科學價值取決於該處的動植物、地理或地質特點。年內，署方繼續派人巡視和監察這些地點的情況及其科學價值，並按需要在某些地點進行適當的生境管理工作，以維持或提高其價值。舉例來說，本署曾於鴉洲具特殊科學價值地點進行防治薇甘菊的措施，以改善該處樹木的生長，為鷺鳥提供適合築巢繁殖的地點。本署亦曾於鳳園谷具特殊科學價值地點種植蝴蝶的寄主植物，以強化蝴蝶的生境。此外，本署繼續檢討各個地點的情況，將一些因環境改變而失去特殊科學價值的地點從名錄中剔除，同時亦會物色具有特殊科學價值的新地點。由於本署發現鷺鳥已不再使用三門仔的鷺鳥林繁殖，故於年內將其從名錄中剔除。
薇甘菊是外來的攀援植物，常見於空曠和受干擾的地方，例如路旁及荒地等。由於薇甘菊生長迅速，被其覆蓋的植物會因無法吸收足夠的陽光而影響生長。由於光照較弱的環境不利薇甘菊生長，因此茂密的林木一般不受薇甘菊的影響。
為了防止薇甘菊在具有保育價值的地點蔓延，本署繼續於郊野公園、特別地區及具特殊科學價值地點清除薇甘菊。除了使用工具清除薇甘菊外，本署亦試驗以生境管理的方法去防治薇甘菊。本署並進行實地研究，探索以生物防治方法控制薇甘菊的可行性。
此外，本署擬備了《清除薇甘菊作業備考》，提供清除薇甘菊的技術指引給有關的政府部門及園藝服務承辦商參考。署方設立了有關薇甘菊的網頁，讓市民參閱。
香港的野生猴子數目近年不斷增加，引起公眾關注。為了長遠控制其增長，本署加快為野生猴子進行避孕試驗計劃。在二零零九至一零年度，本署已替637隻猴子避孕。此外，本署已加強執法，在特定郊野公園禁止餵飼野生猴子，以減低牠們對遊人的滋擾。年內，共有131人在郊野公園內因違例餵飼野生猴子而被檢控。
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