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水質變壞
| 所有水生生物都需要良好的水質，而居於溪澗的生物需要面對的一大威脅，就是水質可能變壞，污染物包括城市發展和人為活動所產生的農業、工業、建築和家居廢物和污水。河溪中的動物如對水質變化敏感，便有可能因水質變壞而受影響。 |
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| 受污染的溪流 |
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城市發展
| 在郊區發展新市鎮和基礎建設，經常會改變區內近河溪處的土地用途，而這些河溪可能已被改為水道和暗渠，甚至填平作發展之用。由於不同物種需要的生存和繁殖生境有所不同，水生生境一旦改變，例如碎石河床積滿淤泥，水生生物的物種組合和數量便會改變。 |
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| 天然溪流附近的發展項目 |
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河道治理工程
| 為保護市民的生命財產，當局過去曾在一些天然河溪進行河道治理工程，施工位置主要在下游地帶，目的是增加河溪的水流傳輸能力，以收防洪之效。當局通常會採用傳統方法來“改善”這些河溪的狀況，例如擴闊、加深或拉直，河岸亦大多會以人工合成的襯墊物料(如混凝土)建造，河溪的自然生境可就難免被這類水道工程改變或破壞了，而大部分原生的動植物遂告消失。此外，有些河溪因為附近地方的人為活動近年不斷增加，其生態價值可能已經折損。 |
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| 以傳統方法建造的舊式河道 |
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| 近年來，有關部門在設計河道和泄洪渠時，已盡可能考慮生態問題和採取保護生態的措施。例子包括：使用不同種類的草墊層來鋪設河堤和河床；建造兩段式水道並設中段平台作淡水生境；在水道內闢建彎位和適合水生植物生長的水池；闢建沼澤地和具生態價值的蘆葦叢作為補償措施；保存並改良舊有河曲作為濕地。環保團體亦獲邀參與多個設計個案，並就生態範疇提供意見。 |
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| 雙魚河水道在近年完工 |
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遭未經許可的活動破壞
| 天然河溪有時會被未經許可的工程而破壞，有時也會因鄰近地區進行的發展項目而被人無心破壞。舉例來說，二零零三年年底，東涌河下游一段河道被發現遭個別人士破壞。河床曾被大肆挖掘，巨礫和卵石被移走，水流因填土活動而受阻，餘下的水道則堆滿沉積物，該段河道和河岸生境遭受嚴重破壞。這事件引起市民廣泛注意，遭破壞的河段其後被修復，而犯罪者亦已被檢控。 |
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| 受破壞的東涌河段（攝於二零零三年十一月） |
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