农场牌照及巡查
自一九九四年禽畜废物管制计划实行后，全港禽畜农场必须领有禽畜饲养牌照，方可继续饲养禽畜。施行该项规定，是要控制禽畜废物污染。农民必须根据最低排放标准设置适当设备，处理农场的禽畜废物方可取得牌照，当中亦订立多项条文，保障公众卫生健康及防控禽流感等禽畜疾病。
署方定期巡查所有禽畜农场，尤其是怀疑曾非法排放禽畜废物或在处理禽畜废物时曾滋扰附近地方的农场。非法饲养禽畜的农民会遭检控。
为减低本地农场爆发高致病性禽流感的风险，本署近年积极推行不同的生物保安规条。新增的生物保安措施包括：
本署亦于二零零二年四月推行为期一年的疫苗试验计划，测试一旦发生禽流感时，灭活疫苗能否有效阻遏及防止疫情散播。基于该疫苗试验计划的成果令人满意，本署已于二零零三年六月一日正式推行全港强制性本地鸡场禽流感疫苗计划。
在二零零五至零六年度，本署共发出33项书面警告予持牌农民，检控非法饲养禽畜的个案则有八宗。由于持牌人违反牌照条款，本署吊销了一个禽畜饲养牌照。
自愿退还计划
二零零四年初开始在东南亚爆发的禽流感显示，病毒愈来愈具致病性，引致多人死亡。鉴于禽流感的发展，以及世界卫生组织进行的研究和发出的警告，政府于二零零五年三月十四日公布全面行动计划，以减低香港爆发禽流感的风险。
为推行全面的行动计划，以应付禽流感对全球各地日趋严重的威胁，活家禽农场、批发和运输业的现行作业模式将会出现根本的变化。因此，本署于二零零五年八月五日开始，为选择领取特惠补助金(特惠金)而自愿退还牌照/租约并永久停业的禽畜农户、批发商和运输商推行自愿退还计划。
在二零零五至零六年度，本署共收到77个禽畜农户(包括38个养鸡农户、34个养鸽农户及五个养鸭农户)及13个批发商申领特惠金，并且收到六项一笔过补助金的申请(包括三个活家禽农场及三个批发商工人)。在该自愿退还计划下，已有28个禽畜农户退还其禽畜饲养牌照，退还租约的批发商则有11个。
兽医化验所
 二零零五年，高致病性禽流感病毒H5N1仍然是全球关注的重要公共卫生问题，尤其是邻近的亚洲地区，每月都出现家禽、野鸟和人类感染H5N1病毒的个案。年内，署方按不同风险等级继续监察本港的雀鸟和家禽，确定它们是否带有禽流感病毒，监察范围包括本地家禽农场、进口家禽、批发市场、零售市场、进口观赏雀鸟、宠物店、休憩公园和野鸟。
自二零零五年十月开始，渔护署推行新的禽流感监察系统，处理全港各区健康有问题的病鸟和死鸟，并着重监察野鸟体内是否带有该病毒。本署每天收集野鸟作快捷测试，数天内便可得出明确的测试结果。在五个月内，超过6 000只野鸟经确认和测试，结果共有17宗H5N1感染个案，涉及15只已死野鸟以及两只被遗弃的鸡。尽管测试结果如上，估计感染率与以往数年比较并无显著增加。
有关监察其他动物疾病和食用动物体内化学物残余的服务，以及有关为出口动物签发健康证明书的支援服务的需求日增，本署接到更多进行测试的要求，亦评估了更多化验方法。由于实施了测试计划，待宰活猪可能受污染而不得屠宰的个案数目得以维持在低水平，与此同时，出口的水生动物需要化验的付运批数增加了250%以上。
管制除害剂
 本署继续就如何安全及正确使用除害剂，以控制入侵红火蚁的问题，向灭虫公司及多个政府部门提供技术支援。署方又为相关人士举办控制红火蚁的技术工作坊。年内，本署把三种对付红火蚁的新药饵注册，这些药饵对哺乳动物的毒性低，为灭虫行业提供更多更佳的选择。
由于市民日益关注由蚊子传播的疾病，本署继续向市民及政府部门提供技术讲座，指导他们如何安全使用除害剂，以防治蚊患。本署又与食物环境卫生署合作印制《防治鼠患须知》小册子，为灭虫行业提供鼠患综合管理，以及安全和正确使用杀鼠剂的技术指引。
市民愈来愈关注外来的虫害或会随着进口植物入侵本港，有关监控虫害的工作须予加强，本署把ferrolure+、rhyncolure及disparlure三种昆虫激素注册，以协助监察国际间重要的植物检疫害虫。
 一项市场调查发现11个牌子的蚊香含有未经注册的除害剂活性成分Octachlorodipropylether (S-2)。由于含有S-2成分的蚊香未有根据《除害剂条例》注册，政府要求供应商回收本地市场的产品。回收行动迅即展开，当局亦在供应和零售层面监察灭蚊产品，市场现已成功引入不含S-2成分的蚊香产品作为取代品。
在国际方面，中国已在二零零四年及零五年确认两条规管危险除害剂的国际公约，分别是《斯德哥尔摩公约》及《鹿特丹公约》。为了与世界各国合力监管这些除害剂的贸易及生产，本署计划修订《除害剂条例》，载入新条文，以履行香港特区政府执行上述公约的责任。连同早前建议有关管制除害剂使用者及除害剂注册事宜的法例修订，《除害剂（修订）条例草案》将于二零零七年年中提交立法会审议。
有关管制除害剂的统计数字载于附录8。
植物检疫管制
 自从二零零五年在本港发现入侵红火蚁后，所有相关政府部门通力合作，控制在其管辖范围内发现的红火蚁。年内，本署继续在控制红火蚁和鉴定红火蚁样本上，向各有关方面提供技术意见，并透过互联网、单张和海报发放有关红火蚁的资讯。为掌握控制红火蚁的最新措施，本署派员参加海外的相关会议。署方又为本港的灭虫公司及政府部门举办技术工作坊，让其温习有关红火蚁的知识及控制措施。此外，本署增强与内地检疫当局的沟通，并加强边境检查，以防止这种害虫随着带有泥土的内地入口植物进入香港。
过去数年，海外国家的刺桐遭刺桐姬小蜂(Quadrastichus erythrinae Kim)为患，树叶大量脱落，甚至整株枯死。二零零五年八月，深圳首次报告发现刺桐姬小蜂，中国内地当局立即将其列为重点检疫性害虫。为了对付这种害虫和防止其在本港扩散，本署已向本地植物进口商、苗圃、园景美化业界、物业管理公司和政府部门发出虫害警告，又经常在受感染的地点进行消灭和防治刺桐姬小蜂的工作，包括一主题公园、政府苗圃和公园，亦有邀请中国内地专家对防治措施提出意见，并取得满意的防治成果。
中国在二零零五年十月成为《国际植物保护公约》的缔约国。在公约的适用范围扩展至香港特别行政区之前，本港有需要更新自一九七六年沿用至今的植物检疫法例，以符合公约的规定。本署已展开工作，在二零零五年三月邀请中国国家质量监督检验检疫总局的中国检验检疫科学研究院进行有害生物风险分析，该项目将在二零零七年完成。
 为确保二零零八年奥林匹克运动会马术比赛所用的马匹饲料和铺垫物能顺利进口而不会为本港带来虫害问题，本署与各相关机构磋商，包括第二十九届奥林匹克运动会马术比赛（香港）有限公司、香港赛马会和负责运送的机构，并已按照磋商结果，为参赛队伍制备了一份详载进口手续的指引。
植物进口管制和植物检疫签证服务的统计数字载于附录7。
 进口猫狗植入微型晶片的新管制措施
在二零零五年九月，渔护署推行了一项关于进口猫狗的新管制措施。在特别(进口)许可证上，附加了一项新条款。新条款规定所有猫狗在进口香港前，须先行植入微型晶片，并于健康证明书上注明该晶片编号。微型晶片就像动物的指纹，有助确认其身份，这不但能避免健康证明书或其他进口文件错配，而且可以辨别特征相似的动物。微型晶片也可以让本署追查合法进口动物的资料，从而更有效率地执行对动物疾病的监查。
二零零八年奥运会和残疾人奥运会马术比赛
第二十九届奥林匹克运动会将于二零零八年在中国北京举行，香港特别行政区会协助奥运会和残疾人奥运会在香港举办马术赛事。
渔护署是香港负责为动物进行检验和检疫的部门。本署有法定责任，规管参加马术比赛马匹和源自植物的马饲料及铺垫物的进口及再出口程序，并有责任监察比赛的马厩安排及马匹的福利情况。
此外，个别队伍可能提名海外兽医，在比赛期间照顾其参赛马匹。根据香港法例第529章《兽医注册条例》，海外兽医必须向香港兽医管理局申请在马术比赛期间执业。该条例由本署负责执行，执业申请审批则是香港兽医管理局的责任。
检验及检疫分署于二零零六年二月成立特别职务科，负责监督和执行与马术比赛相关的检疫、动物福利及行政事宜。
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