農場牌照及巡查
自一九九四年禽畜廢物管制計劃實行後，全港禽畜農場必須領有禽畜飼養牌照，方可繼續飼養禽畜。施行該項規定，是要控制禽畜廢物污染。農民必須根據最低排放標準設置適當設備，處理農場的禽畜廢物方可取得牌照，當中亦訂立多項條文，保障公眾衛生健康及防控禽流感等禽畜疾病。
署方定期巡查所有禽畜農場，尤其是懷疑曾非法排放禽畜廢物或在處理禽畜廢物時曾滋擾附近地方的農場。非法飼養禽畜的農民會遭檢控。
為減低本地農場爆發高致病性禽流感的風險，本署近年積極推行不同的生物保安規條。新增的生物保安措施包括：
本署亦於二零零二年四月推行為期一年的疫苗試驗計劃，測試一旦發生禽流感時，滅活疫苗能否有效阻遏及防止疫情散播。基於該疫苗試驗計劃的成果令人滿意，本署已於二零零三年六月一日正式推行全港強制性本地雞場禽流感疫苗計劃。
在二零零五至零六年度，本署共發出33項書面警告予持牌農民，檢控非法飼養禽畜的個案則有八宗。由於持牌人違反牌照條款，本署吊銷了一個禽畜飼養牌照。
自願退還計劃
二零零四年初開始在東南亞爆發的禽流感顯示，病毒愈來愈具致病性，引致多人死亡。鑑於禽流感的發展，以及世界衛生組織進行的研究和發出的警告，政府於二零零五年三月十四日公布全面行動計劃，以減低香港爆發禽流感的風險。
為推行全面的行動計劃，以應付禽流感對全球各地日趨嚴重的威脅，活家禽農場、批發和運輸業的現行作業模式將會出現根本的變化。因此，本署於二零零五年八月五日開始，為選擇領取特惠補助金(特惠金)而自願退還牌照/租約並永久停業的禽畜農戶、批發商和運輸商推行自願退還計劃。
在二零零五至零六年度，本署共收到77個禽畜農戶(包括38個養雞農戶、34個養鴿農戶及五個養鴨農戶)及13個批發商申領特惠金，並且收到六項一筆過補助金的申請(包括三個活家禽農場及三個批發商工人)。在該自願退還計劃下，已有28個禽畜農戶退還其禽畜飼養牌照，退還租約的批發商則有11個。
獸醫化驗所
 二零零五年，高致病性禽流感病毒H5N1仍然是全球關注的重要公共衛生問題，尤其是鄰近的亞洲地區，每月都出現家禽、野鳥和人類感染H5N1病毒的個案。年內，署方按不同風險等級繼續監察本港的雀鳥和家禽，確定牠們是否帶有禽流感病毒，監察範圍包括本地家禽農場、進口家禽、批發市場、零售市場、進口觀賞雀鳥、寵物店、休憩公園和野鳥。
自二零零五年十月開始，漁護署推行新的禽流感監察系統，處理全港各區健康有問題的病鳥和死鳥，並著重監察野鳥體內是否帶有該病毒。本署每天收集野鳥作快捷測試，數天內便可得出明確的測試結果。在五個月內，超過6 000隻野鳥經確認和測試，結果共有17宗H5N1感染個案，涉及15隻已死野鳥以及兩隻被遺棄的雞。儘管測試結果如上，估計感染率與以往數年比較並無顯著增加。
有關監察其他動物疾病和食用動物體內化學物殘餘的服務，以及有關為出口動物簽發健康證明書的支援服務的需求日增，本署接到更多進行測試的要求，亦評估了更多化驗方法。由於實施了測試計劃，待宰活豬可能受污染而不得屠宰的個案數目得以維持在低水平，與此同時，出口的水生動物需要化驗的付運批數增加了250%以上。
管制除害劑
 本署繼續就如何安全及正確使用除害劑，以控制入侵紅火蟻的問題，向滅蟲公司及多個政府部門提供技術支援。署方又為相關人士舉辦控制紅火蟻的技術工作坊。年內，本署把三種對付紅火蟻的新藥餌註冊，這些藥餌對哺乳動物的毒性低，為滅蟲行業提供更多更佳的選擇。
由於市民日益關注由蚊子傳播的疾病，本署繼續向市民及政府部門提供技術講座，指導他們如何安全使用除害劑，以防治蚊患。本署又與食物環境衛生署合作印製《防治鼠患須知》小冊子，為滅蟲行業提供鼠患綜合管理，以及安全和正確使用殺鼠劑的技術指引。
市民愈來愈關注外來的蟲害或會隨著進口植物入侵本港，有關監控蟲害的工作須予加強，本署把ferrolure+、rhyncolure及disparlure三種昆蟲激素註冊，以協助監察國際間重要的植物檢疫害蟲。
 一項市場調查發現11個牌子的蚊香含有未經註冊的除害劑活性成分Octachlorodipropylether (S-2)。由於含有S-2成分的蚊香未有根據《除害劑條例》註冊，政府要求供應商回收本地市場的產品。回收行動迅即展開，當局亦在供應和零售層面監察滅蚊產品，市場現已成功引入不含S-2成分的蚊香產品作為取代品。
在國際方面，中國已在二零零四年及零五年確認兩條規管危險除害劑的國際公約，分別是《斯德哥爾摩公約》及《鹿特丹公約》。為了與世界各國合力監管這些除害劑的貿易及生產，本署計劃修訂《除害劑條例》，載入新條文，以履行香港特區政府執行上述公約的責任。連同早前建議有關管制除害劑使用者及除害劑註冊事宜的法例修訂，《除害劑（修訂）條例草案》將於二零零七年年中提交立法會審議。
有關管制除害劑的統計數字載於附錄8。
植物檢疫管制
 自從二零零五年在本港發現入侵紅火蟻後，所有相關政府部門通力合作，控制在其管轄範圍內發現的紅火蟻。年內，本署繼續在控制紅火蟻和鑑定紅火蟻樣本上，向各有關方面提供技術意見，並透過互聯網、單張和海報發放有關紅火蟻的資訊。為掌握控制紅火蟻的最新措施，本署派員參加海外的相關會議。署方又為本港的滅蟲公司及政府部門舉辦技術工作坊，讓其溫習有關紅火蟻的知識及控制措施。此外，本署增強與內地檢疫當局的溝通，並加強邊境檢查，以防止這種害蟲隨著帶有泥土的內地入口植物進入香港。
過去數年，海外國家的刺桐遭刺桐姬小蜂(Quadrastichus erythrinae Kim)為患，樹葉大量脫落，甚至整株枯死。二零零五年八月，深圳首次報告發現刺桐姬小蜂，中國內地當局立即將其列為重點檢疫性害蟲。為了對付這種害蟲和防止其在本港擴散，本署已向本地植物進口商、苗圃、園景美化業界、物業管理公司和政府部門發出蟲害警告，又經常在受感染的地點進行消滅和防治刺桐姬小蜂的工作，包括一主題公園、政府苗圃和公園，亦有邀請中國內地專家對防治措施提出意見，並取得滿意的防治成果。
中國在二零零五年十月成為《國際植物保護公約》的締約國。在公約的適用範圍擴展至香港特別行政區之前，本港有需要更新自一九七六年沿用至今的植物檢疫法例，以符合公約的規定。本署已展開工作，在二零零五年三月邀請中國國家質量監督檢驗檢疫總局的中國檢驗檢疫科學研究院進行有害生物風險分析，該項目將在二零零七年完成。
 為確保二零零八年奧林匹克運動會馬術比賽所用的馬匹飼料和鋪墊物能順利進口而不會為本港帶來蟲害問題，本署與各相關機構磋商，包括第二十九屆奧林匹克運動會馬術比賽（香港）有限公司、香港賽馬會和負責運送的機構，並已按照磋商結果，為參賽隊伍製備了一份詳載進口手續的指引。
植物進口管制和植物檢疫簽證服務的統計數字載於附錄7。
 進口貓狗植入微型晶片的新管制措施
在二零零五年九月，漁護署推行了一項關於進口貓狗的新管制措施。在特別(進口)許可證上，附加了一項新條款。新條款規定所有貓狗在進口香港前，須先行植入微型晶片，並於健康證明書上註明該晶片編號。微型晶片就像動物的指紋，有助確認其身份，這不但能避免健康證明書或其他進口文件錯配，而且可以辨別特徵相似的動物。微型晶片也可以讓本署追查合法進口動物的資料，從而更有效率地執行對動物疾病的監查。
二零零八年奧運會和殘疾人奧運會馬術比賽
第二十九屆奧林匹克運動會將於二零零八年在中國北京舉行，香港特別行政區會協助奧運會和殘疾人奧運會在香港舉辦馬術賽事。
漁護署是香港負責為動物進行檢驗和檢疫的部門。本署有法定責任，規管參加馬術比賽馬匹和源自植物的馬飼料及鋪墊物的進口及再出口程序，並有責任監察比賽的馬廐安排及馬匹的福利情況。
此外，個別隊伍可能提名海外獸醫，在比賽期間照顧其參賽馬匹。根據香港法例第529章《獸醫註冊條例》，海外獸醫必須向香港獸醫管理局申請在馬術比賽期間執業。該條例由本署負責執行，執業申請審批則是香港獸醫管理局的責任。
檢驗及檢疫分署於二零零六年二月成立特別職務科，負責監督和執行與馬術比賽相關的檢疫、動物福利及行政事宜。
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