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 自然環境
香港的地形及亞熱帶氣候，為種類繁多的動植物提供各色各樣的棲息地。本港雖是彈丸之地，但自然景致卻多姿多采，海岸沙灘、嶙峋石岸、高聳山峰、茂密林地與綠茵山巒，互相映襯，構成獨特的風景。
 香港有維管束植物逾3 100種（其中約2 100種為本地種）、哺乳類動物約50種、鳥類約480種、淡水魚類160種、爬行動物約80種、兩棲類動物逾20種，昆蟲亦十分繁多，計有超過230種蝴蝶及110種蜻蜓。
 生態調查及資料庫
本署由二零零二年開始進行全港生態調查計劃，目標在建立及更新全港的生態資料庫。調查計劃覆蓋香港所有高保育價值的主要生境，包括風水林的位置、狀況及植物種類，以及重點動物群的分布及數量。截至二零零六年三月，本署採集、認證及於數據庫內儲存了超過55 000個，約1 500種動植物的記錄，作為內部參考。
 生態調查的結果確定了香港豐富的生物多樣性，其中有香港甚至是全球首次發現的物種。例如於二零零五年七月發現的新蝙蝠種──褐扁顱蝠，令香港的蝙蝠種類增加至26種；從未被發現的小喜鹽草，亦被確立為本地第五種海草。結果亦顯示現時的受保護地區能有效保護香港的生物多樣性，在調查及分析的物種群中，超過95%的本地常見陸上及淡水物種，均有代表性的群體在香港的保護區內棲息。
為了提高公眾人士對本地生物多樣性的興趣及爭取他們對自然保育的支持，本署建立了一個以互聯網絡為平台的重要物種及生境資料庫，讓公眾搜索資料。互聯網網站名為香港生物多樣性網頁(www.hkbiodiversity.net)。本署正在發展一套以地理資訊系統運作的中央資料庫，儲存調查所得的數據及從其他途徑取得的生態資料。
本署會長期持續進行生態監察及調查，以更新資料庫，並根據調查所得，發展保育重要物種及生境的計劃。
米埔內后海灣國際重要濕地
生態監測
漁護署由二零零一年八月起，推行米埔內后海灣拉姆薩爾濕地的生態監測計劃。是項長期計劃的目的是收集這片濕地的基線生態資料，監測範圍包括濕地內的底棲動物群落、冬季候鳥數目及生境範圍。
本署委託香港大學環境毒理研究室進行該監測計劃，專門分析這些生態參數的變化及互動關係。同時也會以水質、沉積物質素及泥灘沉積速率等環境數據作為參考。計劃所收集的數據也記錄了拉姆薩爾濕地生態狀況。
水鳥監測
 本署與香港觀鳥會合作，每月在米埔內后海灣國際重要濕地點算水鳥種群的數目，作為米埔內后海灣國際重要濕地生態監測計劃的部分資料。
二零零五年十月至二零零六年三月期間，在這國際重要濕地錄得最高的水鳥數目約有59 500隻，包括4 300隻鷺鳥、17 700隻野鴨、14 400隻海鷗及燕鷗、12 000隻涉禽、600隻秧雞及10 300隻鸕鷀。
在過去九年，冬季在此濕地棲息的水鳥種群數目，均維持在50 000至60 000隻的水平。
黑臉琵鷺
黑臉琵鷺是全球瀕危鳥類之一，只分布於東亞地區。去年冬季遷徙期間，全球約20%以上的黑臉琵鷺以米埔內后海灣國際重要濕地作為棲息地或中轉站。
故此，本署於二零零一年起實施黑臉琵鷺保育計劃，以保持此國際重要濕地的良好條件為目標，為黑臉琵鷺提供度冬的地方。該計劃的其他措施包括保護棲息地、物種及棲息地管理、監測和研究、教育與訓練、區域合作等。
本署參與在東亞地區由香港觀鳥會統籌的全球黑臉琵鷺同步調查。根據二零零五至零六年度冬季的調查結果，在區內錄得的黑臉琵鷺數目有1 679隻。在二零零六年一月，最多更錄得346隻黑臉琵鷺在后海灣，即包括香港及深圳度冬，為歷年來的新高；而在米埔內后海灣國際重要濕地度冬的黑臉琵鷺隻數，則是東亞地區第二位。
綠海龜
綠海龜是唯一經常在香港產卵的海龜，而南丫島的深灣是牠們在本地唯一的產卵地。本署推行一套綠海龜保育計劃，以保護這瀕危物種。計劃包括每年六月至十月綠海龜產卵季節將深灣沙灘劃為限制地區、清理沙灘上阻礙綠海龜上岸的攀援植物和海洋垃圾、安排定期巡邏，以及教育公眾有關保育海龜的知識。在二零零五至零六年度，沒有發現綠海龜在香港上岸產卵。
此外，常見於熱帶和亞熱帶水域的五種海龜，包括綠海龜、赤蠵龜、棱皮龜、玳瑁和欖蠵龜，偶然也會被發現於香港水域或岸邊受困或受傷。如有此情況時，本署亦會派員到場檢視海龜及安排獸醫治理。
野生猴子
 為控制香港野生猴子數目，本署自二零零三年起展開對三個目標野生猴群的避孕試驗計劃。由於誘捕猴子費時，牠們亦很快學會避開陷阱，試驗計劃的進度因而受到影響。在接受避孕注射的猴子數目達到目標後，便會展開有關的成效評估，以確定為野生猴群進行避孕的可行性。
沙田民居由於鄰近野生猴子的聚居地而遭受滋擾，本署在接獲報告後會派員巡查，捕捉誤闖民居的猴子。為減少野生猴子到屋邨民居覓食，本署建議沙田區有關的屋邨管理公司留意將食物或廢物收好，並呼籲居民不要餵飼猴子，令牠們無法得到食物；同時又特別為沙田各屋苑的物業管理員安排講座及示範，提供方法、技巧和應用工具，以助驅趕猴子，使牠們離開民居及返回林區。
管制瀕危物種貿易的措施
《保護瀕危動植物物種條例草案》於二零零五年四月提交立法會，在二零零六年三月一日獲得通過。新條例將於二零零六年實施，取代現行的《動植物(瀕危物種保護)條例》。
 本署繼續致力打擊非法貿易，報告期內，扣押瀕危物種的個案超過450宗，其中包括一批共229件（503公斤）來自坦桑尼亞的象牙和556公斤玳瑁海龜鱗片、來自馬來西亞及印尼的5 067隻冷藏穿山甲屍體及2 336公斤穿山甲鱗片，以及四貨櫃（78公噸）來自印度及馬來西亞的檀香紫檀。
保護瀕危物種的宣傳和教育工作已經加強，使市民加深對保護瀕危物種的認識及了解有關管制措施。工作包括開設瀕危物種資源中心、到學校演講，以及在機場和邊境管制站展示相關資訊。本署在一粵港聯合教育項目下，舉行貿易研討會及培訓班；另獲香港電台第二台支持，舉辦一項以保護瀕危物種為題的廣播劇創作比賽，提高學生對保護瀕危物種的意識。比賽共收到來自28間中學的49 份參賽作品，得獎作品其後在香港電台第二台廣播。為了把有關新法例告知貿易商及公眾，本署推行及籌劃一系列教育及宣傳活動，包括向貿易商發通函、在網頁刊登公報、公共交通工具的廣告宣傳、在公共場所舉辦展覽、派發新的小冊子及海報，以及在電視台和電台廣播。
香港濕地公園
香港濕地公園第一期展覽館在二零零五年五月關閉進行裝修，作為公園第二期發展計劃的公園售票處。在二零零五年四月至五月期間，共有13 836名訪客參觀公園第一期展覽館，來自171間學校和社區團體的5 254名訪客，更獲安排參加由專人帶領的導賞團。
濕地公園第二期工程的展品安裝工程在二零零五年四月底開始進行，包括三個分別名為「濕地世界」、「人類文化」及「濕地挑戰」的展覽廊，展示有關濕地的生物多樣性、人類文化發展及濕地面對的自然保育問題，整項工程預計在二零零六年年中完成。
本署繼續在公園內展開生態調查，悉心管理新建造的生態環境，提升其功能和價值。
香港植物標本室及植物存護
 香港植物標本室的工作包括有系統地採集、鑑定及管理香港植物標本。最近發現了兩個植物新種：香港油果樟(Syndiclis hongkongensis Xia, Deng & Yip)及腺葉瓊楠(Beilschmiedia glandulosa Xia, Wei & Deng)，均屬樟科。兩個新種已在植物科學學報上發表，並將載於由香港植物標本室聯同華南植物園合編的《香港植物誌》(第一卷)之內。標本室不但是植物研究工作的資源中心，也透過團體預約參觀、教育單張及各種刊物，促進市民對香港植物的認識，其中於本年度出版《冬青與我》(My Story with Hollies)，該書由國際知名的分類學家胡秀英教授編寫，標本室負責編輯及攝影。
漁護署也重點進行稀有及珍貴植物的存護工作。香港特有種香港巴豆(Croton hancei Benth.)便是其中一例，該種已有近150年未被發現，1997年才重新找到。位於青衣島的原生生境現時為世界上唯一發現香港巴豆的地點，因此別具科學意義。除了進行就地保育，將該處劃為「具特殊科學價值地點」外，本署也進行了遷地保育，在大棠新建的溫室及城門標本林加以存護，確保它能夠存活下去；並已設立多個試種地點，希望讓更多香港巴豆種群在野外生長。另一些存護計劃也採用人工繁殖及試點種植，其中包括杜鵑、殼斗科植物、寬藥青藤、印度馬兜鈴、四藥門花等。
具特殊科學價值地點
 具特殊科學價值地點可位於陸上或水中，因其動植物、地理或地質特點而具有特殊科學價值。署方一直派人巡視和監察這些地點的情況及其科學價值，並按需要在某些地點進行適當的生境管理工作，以保持或加強其價值。舉例來說，本署曾於鴉洲具特殊科學價值地點進行薇甘菊防治工作，以改善該處樹木的狀況，讓鷺鳥可以築巢繁殖。此外又繼續檢討各個具特殊科學價值地點的情況，並找出具特殊科學價值的新地點。自二零零五年起，已加入三個新地點，包括用以保護香港特有植物香港巴豆的青衣南、大菴風水林，以及本港最重要的燕鷗繁殖地點石牛洲。
清除薇甘菊
薇甘菊是外來的攀援植物，常見於空曠和受干擾地方，例如路旁和荒地等。由於生長迅速，致使長期遭其厚密枝葉所覆蓋的植物會因無法接收足夠陽光而影響生長。在茂密的樹林中，由於樹木高大而林中光照較弱，不利薇甘菊生長，因而不受這種植物影響。
 為防止薇甘菊在具有保育價值的地點蔓延，本署繼續調配人手及資源，於郊野公園、特別地區及具特殊科學價值地點清除薇甘菊。除了使用工具清除及實地試用除草劑「森草淨」外，亦在一些地點嘗試以更全面的生境管理方法防治。由於薇甘菊在遮蔽的環境中發芽和生長速度都會減慢，因此，把它清除後再在原地種植樹木，理論上可營造遮蔽的環境，遏止它重新生長。根據初步的實地觀察所得，這些地點在植樹後重新長出薇甘菊的情況大為減少。不過，為確保所植樹木能健康生長，初期須經常進行保養工作，例如鋪設草墊和除草，以抑制薇甘菊重新生長。鑑於資源問題和其他實地限制，這個方法只曾應用於某些具重要生態價值的地點(如鴉洲)。
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