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禽流感事件
 死鳥檢測服務
漁護署自二零零五年十月開始向市民提供收取病鳥及死鳥服務，作為監察野鳥感染禽流感情況工作的一部分。市民如發現可疑的病鳥和死鳥，可致電政府熱線，本署會建議處理方法，如有需要，更會派員收集雀鳥送往化驗測試。由服務開始至二零零六年三月底，本署共收集超過6 000個樣本，其中15個野鳥樣本呈禽流感陽性反應。
本地家禽農場──自願退還牌照計劃
二零零四年在東南亞地區發生的禽流感疫情顯示，病毒愈來愈具致病性，而有些病人亦對一些抗病毒藥物呈抗藥性。為減少人類感染禽流感的風險及應付可能出現的流感大流行情況，政府在檢討活家禽的風險管理後，認為應該將本港活雞總數減少至大約200萬隻，以減低經由人類與大量活家禽密切接觸而引致流行性疾病爆發的風險。
由於政府有意在香港推行集中屠宰，以徹底改變現行活家禽農場和批發市場的運作模式，於是為無意在新環境下營業的持牌家禽農戶推出自願退還牌照計劃。該計劃已在二零零五年三月十四日提交立法會及進行諮詢，並在二零零五年八月五日開始接受申請。
雀鳥公園及觀賞鳥販賣店鋪
本署定期在本港各雀鳥公園收取環境和糞便樣本，進行針對禽流感的化驗。現時每天都有工作人員在一些野鳥聚集的地方，例如米埔自然護理區，抽取野鳥的糞便樣本中，進行針對禽流感的化驗；在二零零五年檢測的近4 200個野鳥糞便樣本中，所有測試結果均對禽流感病毒呈陰性反應。本署已於米埔自然護理區入口張貼告示，提醒市民注意個人衛生，要與野鳥保持距離，切勿接觸野生雀鳥，以及鳥巢、蛋、掉下的羽毛及排泄物。市民若曾觸摸，應立即徹底清潔身體接觸部位。
 散養家禽
二零零六年二月，沙頭角元墩山有散養雞隻感染高致病性H5N1型禽流感。為保障公眾健康，本署在新界各地進行巡查及呼籲市民停止散養家禽。其後，政府在二零零六年二月十三日修訂法例，禁止散養包括雞、鴨、鵝、鴿及鵪鶉等家禽，違例者可被罰款五萬至10萬元。
濕地公園
 香港濕地公園是香港特別行政區政府指定的千禧年發展專案。公園位於天水圍西北部，目的是發展為一項自然護理教育及旅遊設施，當中設有佔地一萬平方米的展覽館及60公頃的人工再造濕地保育區。它結合了自然美景及現代博物館式的互動展覽，不僅具備當今最新穎的建築特色，同時兼顧保護環境及融入生態的概念。濕地公園於二零零六年五月開放，供公眾人士入場參觀。
漁護署定期在香港濕地公園進行生態調查，以監測公園的生態緩解功能。截至二零零五年，在公園內共錄得191種鳥類，其中半數為水鳥或依賴濕地生活的鳥類，包括罕見的黑臉琵鷺和彩鷸；同期共錄得九種兩棲類、九種爬行類、九種哺乳類、10種魚類、39種蜻蜓及113 種蝴蝶。
有機耕作
 有機耕作是以「道法自然」理念進行作物生產的方法，整個耕作過程強調與大自然和諧共存，維護自然生態完整，運用選種、輪作、施用堆肥、天然藥物等方法解決生產上的問題，當中不施用農藥、化肥及轉基因物料。
由二零零零年十二月起，漁護署開始協助本地農民轉型為有機耕作，向他們提供所需的知識、技術支援及低息貸款，蔬菜統營處則透過其銷售渠道協助農民銷售有機蔬菜。
 至二零零五年十二月為止，共有50個農場參加了本署的「有機耕作支援服務」，耕種面積共25公頃，平均每天生產約兩噸有機菜，包括生菜、白菜、菜心、通菜、莧菜、芥蘭、茼蒿、茄子、苦瓜、冬瓜、長豆角、車厘茄和甘筍等。
本署亦向「香港有機資源中心」提供支援──一個由香港浸會大學、香港有機農業協會及綠田園基金共同成立的非牟利機構，發展及推行香港的有機生產及加工認證系統。有關認證服務在二零零四年底正式開始以來，目前全港已有20多個有機農場獲得認證。
自然保育政策檢討
二零零四年十一月政府公布新自然保育政策，部門負責在12個需要優先保育的地點推行兩項與土地擁有人合作的試驗計劃──公私營合作及管理協議試驗計劃。
 按照公私營合作方案，政府容許發展商在具重要生態價值的地點中較不易受破壞的部分，按議定規模進行發展，條件是他們須承諾長期保育該處餘下較易受破壞的部分。本署在二零零五年五月申請期屆滿時，共收到六份公私營合作試驗計劃書。這些建議正由一個由環保署率領的跨部門專責小組審批，小組成員包括生態、環境、規劃、財經及法律方面的專家代表。
 根據管理協議計劃，非政府組織可向政府申請資助，與土地擁有人簽訂管理協議。非政府組織會向土地擁有人提供金錢獎勵，換取有關土地的管理權或與擁有人合作，以達到自然保育的目的。環境及自然保育基金委員會合共撥款4,620,350元，支持三項管理協議計劃，當中涉及位於鳳園及塱原的土地。
位於鳳園的管理協議計劃由大埔環保協進會負責，目的在加強及維持鳳園具特殊科學價值地點內私家地的生境及物種多樣性。塱原的兩頂計劃分別由長春社及香港觀鳥會負責，主要與農民合作，保育該處私人耕地的濕地生境及雀鳥多樣性。管理協議計劃會持續兩年，由漁護署監察其推行，確保加強有關地點的保育工作。
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